Se desconoce el año de su nacimiento, indudablemente a fines del siglo XVI. Fue niño corista en la Catedral de Segovia y después pasó 34 años como maestro de capilla en León y Valladolid; estaba en Valladolid hacia 1627 y también era allí canónigo. En 1644 llegó a ser prior de la iglesia colegiada de Berlanga. Bajo su dirección la música coral de León y Valladolid alcanzó una alta calidad. Según su propia relación en su "Laura de música eclesiástica" (Madrid, 1644), cualquier poseedor de beneficio en León que cantara fuera de tono o con pobre emisión era automáticamente merecedor de castigo, mientras en Valladolid a cualquier prebendario que no pudiera pasar una prueba de canto después de un año de estudio se le negaba pan y vino. 

La música superviviente de Ruiz está contenida en su misas, salmos, magnificats, motetes,  y otras cosas tocantes al culto divino (Madrid, 1627), que, aunque marcadas como ‘ex typographia Regia', nunca fueron impresas. Incluye siete misas, nueve composiciones de Magnificat y otras 49 obras; todo muestra que Ruiz era un maestro de la escritura de ocho partes para dos coros antifonales. Su "Laura de música eclesiástica" usa, en la página de título, la palabra 'impresso', pero esta también sobrevive sólo en manuscrito; dos copias del siglo XVII están en el Monasterio Real, El Escorial; una tercera, que data del siglo XIX, está en la Biblioteca Nacional, Madrid. La "Laura" es principalmente un tratado sobre temas de práctica litúrgica, pero también contiene una extensa defensa de la música contra aquéllos que declaraban que era puramente un arte mecánico, sin decencia, importancia o reglas de sonido.